Prvi dio maratonske etape donio je strm uspon na rekordnu visinu od 4.300 m. Barreda i dalje vodi

Etapa #3: San Rafael – San Juan
poveznica cca 420 km – brzinski ispit 243 km – ukupno cca. 660 km

Treća etapa je donijela i novi visinski rekord u povijesti Dakara. Posebna ruta za motocikle i četverocikle donijela je strmi 3 kilometarski uspon, koji je na dijelovima sličio na hard-enduro ili trial ispit, a vodio je vozače na nadmorsku visinu veću od 4.300 m, zbog čega su ozbiljnih problema imali i ljudstvo i imovina. Nakon toga je uslijedio navigacijski zahtjevni spust, a sve je to temeljito promijenilo poredak nakon dolaska u kamp, u kojem vozači ovaj put ne mogu računati na mehaničare, ali mogu pomagati jedan drugom i razmjenjivati dijelove.

Etapna pobjeda je pripala Barredi, koji je tako još malo povećao svoje vodstvo. Ipak, loša vijest za Hondu su ogromne pogreške u navigaciji Goncalvesa i Sunderlanda, koji su izgubili više od 2 sata, pa je tako sljedeća Honda u poretku ona u rukama Rodriguesa, sa skoro punim satom zaostatka. Dakle, teret Hondin očekivanja sada je spao isključivo na leđa Barrede.

Despres (Yamaha) i Coma (KTM) su imali dosta dobar dan te se probili na 2., odnosno 3. mjesto u ukupnom poretku, ali je njihov zaostatak za Barredom već porastao na više od 13 minuta. Osim toga, obojica su ostala bez timskih kolega na čiju su pomoć mogli računati budući su Faria (KTM) i Verhoeven (Yamaha) nakon padova morali odustati. S druge strane, Duclos sa svojim Shercom i dalje etape završava među prvom petoricom, tako da su na prva 4. mjesta u ukupnom poretku 4 motocikla različitih proizvođača.

Iskusni Stanovnik se dobro snašao na teškom terenu i odvozio 29. najbrže vrijeme, što ga je nakon tehničkih problema na prethodnoj etapi pomaknulo na 47. mjesto u ukupnom poretku, sa zaostatkom od 3 sata i 20 minuta. Treća etapa je donijela i popriličan šok u konkurenciji četverocikala budući je Marcos Patronelli, dvostruki pobjednik i glavni favorit, morao odustati nakon što je dehidrirao pokušavajući izvući vjernu Yamahu iz provalije. Vodstvo u toj konkurenciji je preuzeo poljski vozač Sonik.

Poredak – 3. etapa
1. Barreda – Honda – 3h:47min:3sek
2. Despres – Yamaha - +4:41
3. Coma – KTM - +6:56
4. Duclos – Sherco - + 10:51
5. Casteu – KTM - +11:17

Ukupni poredak:
1. Barreda – Honda – 9h:56min:44sek
2. Despres – Yamaha - +13:04
3. Coma – KTM - +13:56
4. Duclos – Sherco - + 16:38
5. Lopez – KTM - +18:39