Nakon tragedije u Maleziji, utrka u Valenciji je započela s novom dramom, ovaj put srećom bez težih posljedica. Bautista je bio malo preagresivan na ulasku u prvi zavoj, te je zakačio zadnji kotač Doviziosa, nakon čega je pao i za sobom povukao i Rossija, Haydena i de Punieta. Na stazi koju je mjestimice hladila kišica, najbolje je povukao Stoner koji se ubrzo odvojio i rastegnuo svoje vodstvo na skoro 10 sekundi.

Daleko iza njega su se za drugo mjesto u utrci, ali i treće mjesto u poretku, borili njegovi timski kolege Dovizioso i Pedrosa, sve to pod prismotrom Spiesa na Yamahi, koji je čekao svoju priliku. A ta je prilika došla u završnici utrke, kada je kiša neznatno ojačala. Pedrosa je odmah ispao iz ritma, a Spies je ubrzo prošao i Doviziosa, te počeo sustizati Stonera, koji je odlučio voziti opreznije. Pred sam kraj utrke Stoner ubacuje i lažni neutral i Spies se probija u vodstvu koje će zadržati do same ciljne ravnine.

Ipak, na izlasku iz zadnjeg zavoja, Stoner je iskoristio nadmoćnost svoje Honde i u posljednji tren projurio pored Spiesa, otevši mu pobjedu za samo 15 tisućinki sekunde, da bi šest sekundi kasnije kao treći ciljem prošao i Dovizioso. Nedaleko iza njega vodila se borba za rookie vozača godine između Karela i Cala, odnosno između Abrahama i Crutchlowa. Nakon što su obojica sustigla Pedrosu, Abraham je u posljednjem krugu izletio sa staze, ostavivši Crutchlowa da osvajanjem 4. mjesta ostvari najbolji rezultat sezone, to slađi što je uspio pobijediti na kraju petog Pedrosu.

Osim Pedrose, u takvim se zahtjevnim uvjetima nisu snašli još neki standardni MotoGP vozači, pa je tako odlično 6. mjesto osvojio Katsuyuki Nakasaga, koji je nastupio kao zamjena za ozlijeđenog Lorenza, dok je sedmi ciljem prošao AMA Superbike prvak Josh Hayes, koji je mijenjao Edwardsa. Nesretni Abraham utrku je završio kao 8., dok je Capirossi svoju dugačku karijeru zaključio osvajanjem 9. mjesta. Svoju posljednju MotoGP utrku, barem kako sada stvari stoje, vozili su i Elias i Aoyama, osvojivši 10 i 12. mjesto, a među njih se ugurao jednako neraspoloženi Barbera, koji ostaje u MotoGP prvenstvu, ali mijenja boje.

I dok je titula svjetskog prvaka u MotoGP klasi pripala Stoneru još u Australiji, u Valenciji se odlučivalo o prvacima u slabijim klasama. I dok je Terol još i povećao svoju bodovnu prednosti pred Zarcom i tako postao posljednji prvak u povijesti klase 125, Bradl je pao u Moto2 utrci, no svejedno je postao prvak budući Marquez, kao njegov jedini konkurent, nije ni nastupio zbog ozljede.